正月的法事和活動

石山寺除夕夜的鐘聲會在水流最清澈的凌晨兩點開始響起。率先到達的前108名參拜者才有機會參與撞鐘活動。石山寺的古梵鐘吊在多層建袴腰式的鐘樓上層，這種需要從下層推拉撞木撞鐘的構造是非常罕見的。這口梵鐘是平安時代製作的，以能發出「奇妙的聲響」而聞名。另外，每年的首個重要法事——「香水加持法事」會伴著鐘聲在寺院正殿舉行。在香水加持法事中，座主會一邊祭拜一邊將從閼伽池中汲取的「初水」注入壺裡。這項法事作為石山寺自古以來最重要的秘儀，規定必須由座主執行。
在因「初次參拜」而熱鬧的三天裡，每日的下午一點都會在正殿舉辦「修正會大祈禱」，為新的一年祈求無病息災。