天台寺門宗の総本山。正式名称は長等山園城寺。7世紀に大津京関連の寺院として建立され、8世紀中頃に智証大師円珍が天台別院として中興した寺院である。
境内に天智・天武・持統の三天皇の御産湯に用いられたとされる霊泉（井戸）があることから、「御井（みい）の寺」と称され、後に「三井寺」と通称されるようになった。国宝の金堂を始め、西国第十四番札所の観音堂、釈迦堂、唐院など多くの堂舎が建ち並び、国宝・重要文化財は100余点を数える。
また、湖国近江の名称、近江八景のひとつ「三井の晩鐘」でも知られる。