閼伽（あか）とは水のことで、仏に供える水や花を用意する施設が閼伽井屋である。金堂と同じく桃山風の秀麗な建物で、石組に囲まれた内部には、天智・天武・持統の三帝の産湯に使われことから三井寺の名の由来となった「三井の霊泉」が湧き、神秘的な水音を聞くことができる。